Cayastá posee un clima templado. Su temperatura se eleva durante el día, y decrece por la noche a causa de la gran humedad. Se destaca por la inexistencia de cuatro estaciones bien delimitadas, con escasa variación térmica anual con veranos cálidos e inviernos suaves, precipitaciones que llegan a los 1.100 mm . repartidas en forma más o menos pareja durante todo el año y abundante humedad. La estación más calurosa va desde noviembre a marzo.

 

Temperatura media en invierno 10ºC

Temperatura media en verano 22ºC

 

Cayastá está bajo la influencia directa del río San Javier que constituye su límite sur y el arroyo Paso del Tigre que en sector es el límite norte. El San Javier es afluente del Paraná que no sólo es el principal río santafesino sino que forma una subcuenca de 1.510.000 de km2- y esta entre los más extensos del mundo con sus 3.740 kilómetros de longitud, incluyendo el tramo del Paranaiba.